Счетная палата Российской Федерации выявила серьезные недостатки в работе ППК «Единый заказчик». В ходе аудита, охватившего три проекта — консерваторию в Санкт-Петербурге, здание центра хирургии и Политехнический музей в Москве, выяснилось, что эффективность использования федеральных бюджетных средств недостаточна. Аудиторы отметили, что из 61 объекта, находившегося в ведении компании в 2021–2024 годах, только 43% были сданы в срок. ППК подвергся критике за неэкономное расходование средств, ссылаясь на неадекватный контроль над ценами на материалы и оборудование, приобретаемое подрядчиками. Например, в случае консерватории был приобретен рояль Steingraeber стоимостью 26,7 млн рублей при наличии более доступного аналога за 7,9 млн рублей. В ответ на озвученные претензии ППК отметил, что многие их объекты уникальны и требуют индивидуального подхода. Консерватория Римского-Корсакова, которая долгое время находилась в состоянии долгостроя, была передана в управление ППК по указанию Президента в 2020 году. Работы по её завершению были завершены в 2025 году, и вскоре здание вновь наполнилось музыкой.
